โอไมครอน B.1.1.529 โควิดกลายพันธุ์ ชุดตรวจ PCR ยังมีประสิทธิภาพแค่ไหน

เกาะติด โอไมครอน Omicron B.1.1.529 โควิดกลายพันธุ์ ที่องค์การอนามัยโลก หรือ WHO กําหนดให้เป็น สายพันธุ์ที่น่ากังวล (variants of concern) เพราะมีการแพร่ระบาดติดต่อระหว่างคนสู่คนอย่างรวดเร็ว

มีการกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิมมากกว่า 60 ตำแหน่ง  เพิ่มความรุนแรงในด้านอาการทางคลินิก อาจลดประสิทธิผลของมาตรการด้านสาธารณสุขและสังคม

หรือการตรวจวินิจฉัยทางห้องปฏิบัติการ เช่น ATK หรือ PCR  ด้อยประสิทธิภาพวัคซีน ยาต้านไวรัสที่มีใช้อยู่

เพจเฟซบุ๊คของ ศูนย์จีโนมทางการแพทย์ (Center for Medical Genomics) คณะแพทยศาสตร์ โรงพยาบาลรามาธิบดี มหาวิทยาลัยมหิดล บอกว่า ห้องปฏิบัติการหลายแห่ง ระบุว่า การทดสอบ PCR ที่ตรวจโควิด 19  พร้อมกัน 3 ยีน จะมียีน "S” ที่อาจจะตรวจจับไม่ได้เพราะมีการกลายพันธุ์ไปมาก (S dropout)  WHO กล่าวว่าข้อสังเกตนี้สามารถใช้เป็นตัวคัดกรองตัวอย่างต้องสงสัยว่าจะเป็นสายพันธุ์โอไมครอนได้

ศูนย์จีโนมทางการแพทย์  รพ. รามาธิบดี ประสานกับห้องปฏิบัติการไวรัสวิทยา รพ. รามาธิบดี ให้เฝ้าระวัง ตัวอย่าง S dropout ถ้าพบเพื่อความรวดเร็วจะนำมาตรวจจีโนไทป์กับตัวตรวจตาม 40 ตำแหน่งด้วยเทคโนโลยี Mass array ให้แล้วเสร็จใน 24-48 ชั่วโมง เนื่องจากจะมีต้นทุนที่ประหยัดกว่าการถอดรหัสพันธุ์กรรมทั้งจีโนม เพื่อให้ทราบว่าเป็นสายพันธุ์โอไมครอน Omicron (B.1.1.529) ในเบื้องต้นหรือไม่  

ขณะที่ชุดตรวจสายพันธุ์โอไมคอน B.1.1.529 ซึ่งจะตรวจ 40 ตำแหน่งบนจีโนมไวรัสพร้อมกันโดยอาศัยเทคโนโลยี "Mass Array" คาดว่าจะแล้วเสร็จใช้งานได้ในอีก 2 สัปดาห์จากนี้  ซึ่งจะสามารถตรวจสายพันธุ์นี้ได้ 1,000 ตัวอย่างต่อสัปดาห์ หากมีความจำเป็น

จากนั้นมีการยืนยันผลด้วยเครื่องถอดรหัสพันธุกรรมรุ่นที่ 3 (3rd generation sequencer) ซี่งจะถอดรหัส SARS-CoV-2 ทั้งจีโนมแล้วเสร็จได้อย่างรวดเร็วใน 48-72 ชั่วโมงโดยไม่ต้องรอทำตัวอย่างครั้งละมากๆ แต่หากมีความจำเป็นต้องทำจำนวนมากก็ สามารถรองรับการถอดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของไวรัสโคโรนา 2019 ได้ประมาณ 100 รายต่อสัปดาห์ เพื่อดูรายละเอียดของการกลายพันธุ์ทังจีโนม 3 หมื่นตำแหน่ง

ส่งลําดับจีโนมที่สมบูรณ์และข้อมูลที่เกี่ยวข้องทางระบาดวิทยาและทางคลินิกไปยังฐานข้อมูลที่เปิดเผยต่อสาธารณะ เช่น “GISAID”  ภายใน 48 ชั่วโมงหลังได้ข้อมูลรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของ Omicron  ร่วมมือกับกรมวิทยาศาสตร์การแพทย์ กระทรวงสาธารณสุขอย่างใกล้ชิดในการร่วมด้วยช่วยกันถอดรหัสพันธุกรรมไวรัสโคโรนา 2019 จากตัวอย่างทั่วประเทศ

Omicron (B.1.1.529) คาดว่าจะก่อให้เกิดการระบาดของโควิด 19 ระลอกใหม่ในแอฟริกา และอาจเกิดการระบาดไปทั่วโลกได้  ขณะนี้พบว่ามีการแพร่ติดต่ออย่างรวดเร็วเหนือกว่าเดลตา และกลายพันธุ์ต่างไปจากไวรัสดั้งเดิม (Wuhan virus) มากกว่า 60  ตำแหน่ง 

ส่วนข้อกังวลเรื่องชุดตรวจโควิด PCR ที่ใช้ตรวจนั้น ยังสามารถตรวจจับสายพันธุ์ โอไมครอน (B.1.1.529) ได้หรือไม่ คำตอบคือยังใช้ตรวจจับได้แต่ต้องระมัดระวัง

• ชุดตรวจ "PCR" จะใช้ตัวตรวจตาม (PCR primer) เข้าตรวจจับจีโนมของไวรัสซึ่งเป็นสารพันธุกรรมประเภท "อาร์เอนเอ"  โดยตรวจ 2-3 ตำแหน่งบนจีโนมไวรัสพร้อมกัน
• ชุดตรวจ ATK  เป็นการตรวจ "โปรตีนเปลือกนอก (antigen)" ของไวรัสทั้งตัว ล่าสุดยังไม่มีรายงานว่าตรวจจับสายพันธุ์ "โอไมครอน (B.1.1.529)" ไม่ได้
• ชุดตรวจ PCR ที่ใช้ตรวจไวรัสโคโรนา 2019 ส่วนใหญ่จะตรวจจีโนมของไวรัส 2-3 ตำแหน่งหรือ 2-3 ยีนบนจีโนมพร้อมกัน ไม่ได้ตรวจเพียงตำแหน่งเดียว เผื่อหากตรวจพลาดไปบางตำแหน่ง ก็ยังมีตำแหน่งอื่นที่ยืนยันผลบวก หรือลบได้
• WHO ให้สังเกตุผลลบที่ขาดหายไปบางตำแหน่ง เช่นบนยีน S ที่สร้างโปรตีนส่วนหนาม (S dropout หรือ S gene target failure) หากพบว่าขาดหายไปตรวจไม่พบ ให้สงสัยว่าอาจเป็นสายพันธุ์โอไมครอนจากนั้นให้ส่งตัวอย่างดังกล่าวไปถอดรหัสพันธุกรรมเพื่อยืนยันสายพันธุ์ต่อไป
• ยีนของไวรัสโคโรนา 2019 ที่ชุดตรวจ PCR นิยมใช้เป็นเป้าหมายในการออกแบบตัวตรวจตาม (PCR  primer) มีหลายยีน เช่น  M,N,S,E,Orf1ab, RdRp, Orf8, และ Nsp2

ทางศูนย์จีโนมทางการแพทย์ รพ. รามาธิบดี ดาวน์โหลดรหัสพันธุกรรมทั้งจีโนมของโอไมครอนทั้ง 125 ตัวอย่างมาทดสอบด้วยวิธีชีวสารสนเทศกับตัวตรวจตามของชุดตรวจ PCR ที่ทาง WHO ให้การรับรอง โดยอาศัยโปรแกรมที่ชื่อว่า “Nextclade” (https://clades.nextstrain.org/)

ปรากฏว่าจากการวิเคราะห์ผลบนคอมพิวเตอร์เบื้องต้น พบว่าทั้ง 125 ตัวอย่างมีแนวโน้มว่าอาจเกิดปัญหากับชุดตรวจ PCR บางยี่ห้อ ไม่ใช่ทุกยี่ห้อที่ WHO ให้รายชื่อไว้ คืออาจให้ผลบวกน้อยทั้งที่มีเชื้อจำนวนมาก หรือเกิดผลลบปลอม (false negative) ได้ในบางยีน โดยอาศัยการตรวจสอบรหัสพันธุกรรมของตัวตรวจตาม (PCR  primer) กับส่วนจีโนมของสายพันธุ์โอไมครอนที่กลายพันธุ์ไปว่ายังตรวจจับกันได้หรือไม่ หรือตรวจจับไม่ได้เลยเนื่องจากไวรัสมีการกลายพันธุ์ไปมาก

อย่างไรก็ตามชุดตรวจ PCR ส่วนใหญ่จะตรวจยีน 2-3 ยีนพร้อมกัน การตรวจไม่พบหรือการ dropout บางยีน อาจไม่ส่งผลกระทบมากนักเพราะจะมีผลบวกจากยีนตำแหน่งอื่นคอยยืนยัน

ดังนั้นศูนย์รับตรวจโควิด PCR คงต้องระมัดระวังเลือกใช้ชุดตรวจ PCR ที่ผ่านการทดสอบว่าไม่มีปัญหาในการตรวจจับสายพันธุ์โอไมครอน